Když se zahledíme trochu do historie, zásadním předělem je nástup totalitního režimu v roce 1948, který znamenal na dlouhý čas zákaz koncertů v kostelích. Velebné tóny varhan zněly příliš „církevně“, lákaly ke vstupu do kostela a varhanní literatura přinášela duchovní hodnoty, o které režim vůbec nestál a ani je nepřipouštěl. Až v šedesátých letech, v době určitého ideologického tání a pod tlakem zvyšujícího se počtu zahraničních turistů, byly v roce 1964 povoleny varhanní koncerty v kostele, ale pouze v Praze a jen u sv. Jakuba, ke kterému později přistoupily i další kostely – Týn a malostranský sv. Mikuláš a Tomáš. Domácí posluchači zareagovali bleskově. Koncerty byly přeplněné převážně mladými lidmi, kteří obsadili i všechny stupně oltářů a soustředěně poslouchali v prostředí, které přinášelo hodnoty, diametrálně odlišné od oficiální ideologie. Tisícové návštěvy byly pravidlem i určitou formou protestu. Ani následující normalizace koncerty v kostelích při slábnoucím dohledu výrazně nepoškodila.
Po sametové revoluci zaznamenaly kostely vpád různých agentur, které začaly pořádat koncerty pro turisty, mnohdy na značně problematické úrovni typu – 10x „Ave Maria“. Přesto vznikly v Praze hodnotné varhanní koncertní cykly. Především u sv. Jakuba mohly navázat na dlouholetou hudební tradici, sahající od Bohuslava Matěje Černohorského až k pravidelným koncertům B. A. Wiedermanna a Jiřího Ropka. Pod vedením titulární varhanice svatojakubské baziliky Ireny Chřibkové probíhá už 17. cyklus letních koncertů v srpnu a září. V průběhu let zde vystoupila řada varhaníků světového jména z Evropy, Ameriky, Japonska a Jižní Koreje v sólových recitálech. Koncerty si udržují vysokou interpretační kvalitu, které odpovídá i návštěvnost vnímavého publika. Druhý rok probíhá i cyklus varhanních recitálů v katedrále sv.Víta (v červnu a červenci) z iniciativy dómského kapelníka Josefa Kšici a pod záštitou pražského arcibiskupa kardinála Dominika Duky za účasti převážně domácích varhaníků. Kvůli mizivé propagaci dokonce i na půdě Hradu je však zatím poněkud utajený, ačkoliv se tam pohybují stovky turistů. Nově k nim přistupuje evangelický kostel U Salvátora. Zde stojí od minulého roku nové varhany od německé firmy Eule z Budyšína (Bautzen). Na jejich postavení ve šťastné symbióze participovaly Norské fondy, ministerstvo kultury, pražský magistrát i Zdeněk Bakala. Z iniciativy staršovstva Sboru ČCE na Starém Městě a osobním nasazením a nadšením jeho člena Pavla Urbana, který je „spiritus agens“ veškerého místního hudebního dění, probíhají každou první středu v měsíci v 17:30 Varhanní podvečery při dramaturgické spolupráci s varhanním oddělením Pražské konzervatoře. Stále stoupající návštěvnost svědčí o dobré organizaci koncertů a zájmu publika. O kvalitě varhan svědčí také to, že se na nich bude konat 1. kolo Mezinárodní varhanní soutěže Pražského jara 2013.
Varhanní koncerty v kostelích jsou sice pořádány pravidelně, ale jejich existence je závislá na svolení a podpoře duchovní správy a iniciativě jednotlivců. Jedná se mnohdy o to, zda mají tito činitelé, kteří mají rozhodovací pravomoc, vůbec vztah k hudbě, mají ji rádi a nevidí účel varhan pouze v bohoslužebné funkci. Záleží velmi na tom, zda si uvědomují, že mohou přispět významnou měrou ke kulturnímu životu hlavního města. Chrámové prostředí velmi umocňuje umělecký zážitek z varhanních koncertů, dotvářejí ho ještě cenné nástroje, které tak mohou ukázat prostřednictvím varhanní literatury své veškeré zvukové bohatství.
Při této příležitosti možno jen litovat, že nejkrásnější a nejstarší barokní varhany v Praze v Týnském kostele, jedny ze tří nejcennějších zachovaných nástrojů ve střední Evropě z druhé poloviny 17. století, rekonstruované za obrovskou sumu, nejsou využívány pravidelně na varhanní koncerty. Je to další důkaz, že si neumíme vážit drahocenného nástroje, který tiše čeká na svou příležitost. Dočká se?