Po únoru 1948 Kubelík nebyl jediný, komu došlo, že zemi čeká v principu totéž, co v době nacistické okupace. Další tyranie, ovšem „pod taktovkou“ domácích lidí pro něj byla nepřípustná. „Odešel jsem, abych nemusel kolaborovat při likvidování naší kultury a humánnosti.“ Komunisté pokračovali tam, kde nacisté skončili.
První léta v exilu
Že přicházejí o reprezentativního umělce, který by před světem mohl československý „lidově demokratický“ režim velmi dobře legitimovat, to komunisté věděli. Není divu, že Kubelíka opakovaně lákali zpět – prostřednictvím České filharmonie i některých umělců. Na jedno takové pozvání z roku 1956 odpověděl Kubelík telegramem, který nemohl nikoho nechat na pochybách: „Lituji, ale nemohu přijmout vaše pozvání dirigovat v Praze, dokud bude nutné podobná pozvání provázet ujištěním, že můj volný návrat do Londýna je samozřejmý. Až pražská vláda toto normální právo přizná každému Čechoslováku a až syndikát výkonných umělců a syndikát skladatelů zreviduje svůj dosavadní postoj ke svobodě uměleckého projevu, ve kterýžto vývoj upřímně doufám, přijedu rád a není nic, na co bych se těšil víc než na shledání s vámi, drazí přátelé.“ Pro Vídeňské svobodné listy tehdy ještě dodal: „Copak to není samozřejmé, že každý slušný Čechoslovák má právo jezdit svobodně po světě, jak tomu bývalo vždy v minulosti? Copak někdo sliboval Smetanovi, Dvořákovi nebo mému tátovi a Destinnové, že se smějí vrátit domů? To má být výhoda jen pro několik vyvolených? K těm nechci patřit.“
Na obranu svobody
Uvolňování v oblasti umění i politiky ve druhé polovině 60. let Kubelík pozorně sledoval a s Dubčekovým reformním kurzem roku 1968 byl „srozuměn a solidární.“ Rostla i jeho naděje na případnou návštěvu nebo dokonce návrat domů; srpen 1968 ji ovšem úplně smetl. Kubelík zareagoval i v té chvíli naprosto jednoznačně: „Okupace republiky pěti státy Varšavské smlouvy je násilným popřením humanitních ideálů, které jako umělci máme. Dokud nebudou všichni cizí vojáci staženi z československého území a legální vláda ČSSR nebude moci svobodně vládnout, je pro nás nemožné udržovat umělecké kontakty s těmito pěti národy i s Československem.“ K tomuto protestu a bojkotu se na Kubelíkovu výzvu připojilo víc než sto umělců, skutečná světová elita, a mimořádnou pozornost této iniciativě věnoval také světový tisk.
O rok později koncertovala ve Švýcarsku Česká filharmonie a Kubelík pro ni ve svém domě uspořádal slavnostní večer. Každý hráč od něj dostal pamětní medaili jako Kubelíkův protest proti srpnové okupaci. Na jedné straně je postava ženy, které u nohou vyrůstá lípa. Žena je sražená na kolena pěti bodáky (ty představují pět zemí, které Československo napadly), mezi nimi je umístěn had jako symbol zrady; v horní části jsou letopočty: „1918 a 21. 8. 1968“. Na druhé straně medaile je státní znak a nápis „Pravda vítězí“. Asi nepřekvapí, že bezprostředně po odjezdu museli filharmonikové dar od Kubelíka odevzdat vedení orchestru. (Provézt medaili se podařilo houslistovi Jaroslavu Horákovi.)
Podobně razantně jako v osmašedesátém vystoupil Kubelík v roce 1979, znovu za mimořádné pozornosti světových médií. Od konce května bylo ve vyšetřovací vazbě drženo 10 členů Výboru na obranu nespravedlivě stíhaných (VONS), složeného ze signatářů Charty '77; všichni byli obviněni z podvracení republiky. Otevřený dopis s výzvou k jejich propuštění poslali Rafael Kubelík a houslista Yehudi Menuhin v červenci 1979 sovětskému vůdci Leonidu Brežněvovi. „Vážíme si Vaší dlouhé a trpělivé práce pro mír a cítíme, že spolu s námi sdílíte přesvědčení, že lidská srdce jsou stejně důležitá jako zbraně. Utlačování čestných lidí (…) může jen zničit obdivuhodné úsilí symbolizované jednáními SALT (pozn. aut. – jednání mezi USA a SSSR o omezení arzenálu jaderných zbraní, která začala v roce 1969; první smlouva podepsána v roce 1972 Richardem Nixonem a Leonidem Brežněvem, druhá pak v roce 1979 Jimmy Carterem a Brežněvem ). A naopak, nic si nezíská tak velkou jistotu a důvěru světa jako Vaše intervence ve prospěch chartistů. Můžeme se tedy spolehnout na Vaši neocenitelnou a okamžitou podporu?“ Nepřišla však ani odpověď, ani intervence a šest členů VONS – včetně Václava Havla – bylo nakonec v říjnu 1979 odsouzeno. Cíl dopisu tedy splněn nebyl, ale solidarita s československými obhájci svobody měla nepochybně svůj velký význam. Stejně jako mezinárodní publicita disidentského hnutí u nás.
Návrat domů
Radost z pádu totality a příchodu svobody Kubelík jednoznačně sdílel. Věděl, že změna režimu je důležitá, ale vnitřní proměna každého jednotlivce přece jen důležitější: „Svoboda je i v disciplinovaném postoji k otázkám etiky. Hlásat ji jen tak s fanglí, to nestačí. Musí být vnitřní.“ A jako by předvídal jedno z největších úskalí, které čekalo rodící se demokracii a které neztrácí na aktuálnosti ani dnes, řekl Literárním novinám v jednom z prvních rozhovorů, čeho je nejvíc třeba: „Dát pro společnou myšlenku vše kladné, nevytvářet tříšť rozbíjejících názorů, nerozptylovat plynulý tok myšlenek a sil. Hledat jednotný proud spojující myšlenky, které by vynaloženou energii znásobily. A tím i najít nevnucující se demokratický způsob, který už u nás skoro není znám.“
Kubelíkovo politické angažmá má obecnější filozofické zakotvení, které vyjádřil v pořadu vysílaném na začátku 70. let rádiem Svobodná Evropa takto: „Pokládám se za člena velké umělecké rodiny lidstva, která dva tisíce let bojuje o svobodu ducha na humanisticko-křesťanských základech. Tuto rodinu nesmí zradit žádný umělec, musí pro ni dýchat – žít. Posláním každého umělce je rozvinovat volně podle vlastních představ ducha, otevřeně pronášet kréda vlastního přesvědčení a jednat podle vlastního svědomí.“