Marthaler, který se narodil roku 1951 v Erlenbachu nedaleko Curyšského jezera, studoval hru na hoboj, flétnu a různé další nástroje. V sedmdesátých letech byl hudebníkem curyšského Neumarktheater. Komponoval jevištní hudbu pro všechna významná německá činoherní divadla. Jeho první samostatné divadelní projekty spadají do počátku osmdesátých letech, a jsou spojeny s Curychem a Basilejí, ale i s dalšími městy. Nebyl však nikde pevně vázán, se skupinou umělců prostě putoval od města k městu, inscenoval v nejrůznějších prostorách, třeba i na nádraží. Jeho zkouškové postupy se staly legendárními. Napřed dlouhé týdny v putykách a hospodách, společné diskutování, improvizování – a následně zrod některého z pozoruhodných projektů. „Rozhodně nedokážu dodržet zkouškový plán v tom smyslu, že se napřed dva dny čte u stolu, a poté se začne prvním výstupem prvního aktu. Tohle neumím ani v opeře. Dokonce i tady první týden málo zkoušíme, zato mnoho hovoříme, abychom se poznali. Jak jinak bychom mohli pochopit takovou operu jako je Pelléas a Mélisanda , kde rodina žije staletí pohromadě v podivném lese?“ podotkl v časopise Opernwelt.
Od roku 1990 spolupracuje Marthaler se scénografkou a kostýmní výtvarnicí Annou Viebrock, a do devadesátých let také spadají jeho dosavadní největší úspěchy: Především jeho hra Zab Evropana, zab ho, zab ho, zab ho! se stala kultovní záležitostí. Pro tandem Marthaler-Viebrock je typická jediná neměnná scéna pro celý večer. Klid a pomalost, které vládnou na jevišti, však mají svůj účel: i v nehybnosti totiž může být vnitřní napětí. Viebrock často navrhuje různé veřejné budovy, čekárny, obytné domy, a to i pro zdánlivě „romantické“ operní náměty. Také ony se stávají příběhy všedního dne – aniž by se měnily v banality. „Zajímají mne místa, kde se odehrávají společné lidské zážitky. Důležitý je pracovní všední den lidí, místa, která důvěrně znají. Takzvaná ošklivost je pro mne pravdivější, zajímavější,“ zdůraznila Viebrock v jednom rozhovoru pro německá média. „Také u kostýmů je důležité, aby nedělaly lidi nijak zvlášť krásnými, ale také je nesmí deformovat. Používám většinou šaty, které najdu ve vetešnictví. Z nich vyzařuje realita.“
Pro Marthalerovu dráhu operního režiséra bylo důležité setkání s dirigentem Sylvainem Cambrelingem. Spolu pak vytvořili většinu operních projektů. Začali roku 1994 ve Frankfurtu, a to Debussyho operou Pelléas a Mélisanda . O dva roky později následovala Verdiho Luisa Millerová , poté Beethovenův Fidelio . Roku 1996 ho Gerard Mortier poprvé pozval do Salcburku a Marthaler tam debutoval Schönbergem. V dalších letech následovala Janáčkova Káťa Kabanová a Mozartova Figarova svatba . I v opeře dbá Marthaler na výběr zpěváků a na jejich herecké schopnosti. „Pokud jsem jim řekl, prosím, zahrajte to či ono, a oni to mohli zahrát, udělali to. S jinými bych nebyl ochoten pracovat.“
Marthalerova inscenace Káti Kabanové , zasazená do prostředí oprýskaného brněnského činžáku, a sugestivně převyprávěná dnešním jazykem, vyvolala v Čechách částečně odmítavé reakce. Mnozí diváci, uvyklí na popisné divadelní postupy, měli potíže pochopit, proč je místo Volhy na jevišti nefunkční vodotrysk, a proč přírodní scenérii zastupuje kalendář na stěně. Že by příroda Marthalera nezajímala? „Naopak! Miluji přírodu – až příliš na to, abych na jevišti vytvářel její kašírovanou pseudopodobu. V Janáčkově hudbě je spousta přírodních obrazů, ale vlastní téma opery vytváří k té nádheře kontrast: odehrává se v uzavřené, omezující společnosti, kde každý sleduje každého a z níž je nemožné uniknout,“ uvedl Marthaler v rozhovoru pro Mladou frontu Dnes během své návštěvy Prahy na podzim 2001.
Možná ještě víc provokoval Marthaler při inscenaci Mozartovy Figarovy svatby . Ta se pro změnu odehrávala v půjčovně svatebních kostýmů. A nejen to. Marthaler přidal i postavu smutného klauna, který doprovází recitativy na elektrický manuál místo cembala. „Figarova svatba přece pojednává o svatbě! V tomhle kuse se lidé nechtějí ani tak milovat, jako ženit a vdávat, a to hezky švihem! A tak jsme vymysleli jakýsi svatební institut. S elektrickou klaviaturou přišel dirigent Cambreling. Operní diváci totiž nejčastěji spí při recitativech. Tak jsme se je rozhodli probudit,“ konstatoval v MF Dnes. Zábava byla veliká, ale u konzervativněji naladěného salcburského publika takové zacházení s „rezidenčním“ Mozartem jen tak snadno neprošlo. Výkřiky nesouhlasu soupeřily s voláním „bravo“ i při jedné z repríz.
Zatím posledním Marthalerovým hudebně-dramatickým projektem bylo scénické provedení Schubertova písňového cyklu Spanilá mlynářka v curyšském Schauspielhausu (před časem vysílal záznam tohoto představení televizní kanál 3sat, ukázky se objevily i v rozhovoru s Marthalerem v cyklu České televize Evropané ). Opět na zcela všední scéně Anny Viebrock, bez potůčku i bez mlynářského tovaryše. Zato s groteskními a přece cituplnými postavami, utápějícími se v samotě, a bezmocně unikajícími jedna před druhou. Marthaler opět řekl cosi ironického pro nás – a hlavně o nás.