Velká většina Janáčkových partitur, včetně opery Věc Makropulos , jsou z větší či menší části matoucí a nesnadné. Dokonce tak výrazně, že tyto nesnáze mohou transmutovat až do zmatku, když se pokoušíme pochopit nebo tlumočit přesný smysl a obsah těchto děl. Jeden z prvních pionýrů Janáčkových hudebních textů, Otakar Šourek, dokonce vypozoroval, že na „velké obtíže nevyhnutelně narazíme již od počátku“. Šourek byl svědkem mnohých premiér Janáčkových děl a také skladatele důvěrně znal. Tím měl tedy zkušenost, která je pro moderní muzikologii již provždy ztracena. Ale i navzdory tomuto již nedosažitelnému privilegiu Šourek označil Janáčkovy texty visačkou „nepřekonatelně těžké“ a „nerozlousknutelný oříšek“. O více než padesát let později shrnul muzikolog Paul Wingfield tento problém jako „fascinující, ale nesnadný a často frustrující“ a trval na tom, že „na každou Janáčkovu partituru připadají stovky velice nesnadných rozhodnutí“. Je tedy takovéto pojetí „nesnází“ v Janáčkových autografech jenom určitá sociální konstrukce předávaná z generace na generaci, nebo se spíše jedná o společného určujícího jmenovatele?
Je zcela zřetelné, že „nesnáze“ obsahují mnoho forem a příčin. Je dokonce možné, že Janáčkův způsob kompozice je jednou z nich: vždyť se skládá z víceúrovňového a nesmírně spletitého procesu. To bychom mohli doložit argumentem, který poukazuje na to, že ve svých posledních pěti operách komponoval ve dvou fázích. V první fázi skladatel vytvořil určitou nepřetržitou skicu s přebytkem hudebních myšlenek zapsaných do orchestrální partitury tak, jak se objevily v jeho mysli a imaginaci. Výsledkem takového tvůrčího vzplanutí byl první autograf, který měl improvizační a jakoby rozcuchaný charakter, byl slabý v hudební logice a plný nesouvisejících témat. Autograf Věci Makropulos není žádnou výjimkou: hudební myšlenky jsou často rozvláčné a mnohem delší než jejich pozdější verze; čtenář je překvapen hojností různých (dále nevyužitých) motivů, zamlženou formou a ve vetšině případů jenom na půl dokončenou orchestrací. Důvodem byl Janáčkův chvat při zapisování své inspirace na papír. Jednotlivé detaily byly překážkou zpomalující, snad i ochromující tvořivý proces. Proto jsou Janáčkovy autografy proslulé svou neproniknutelnou „opacitou“.
Produkce takového autografu – první „skica“ – vznikla poměrně rychle. Například na autografu prvního jednaní Makropulos skladatel pracoval jenom čtyři měsíce. Podle data na autografu Janáček začal na opeře pracovat 11. listopadu 1923 a koncem prosince již hlásil svému stoupenci, spisovateli Maxu Brodovi: Mám již 200 stran z Makropulos. Množství motivů; jak jich spojit uvidím až na konci prvního dějství.
Necelých šest měsíců před smrtí, v interview pro časopis Literární svět, Janáček popisuje chvat a soustředění při skladbě svého oblíbeného třetího jednání Věci Makropulos: Třetí dějství, na tom si zakládám: ten spád, ten sráz! To jsem cítil, to jsem chtěl. Dělal jsem to asi rok. Chodil jsem s tím, napřemýšlel se – ale pak se psalo! – jako stroj!
Po takovéto intenzivní první fázi obyčejně následovaly prázdniny – oblíbené byly zejména Tatry, lázně v Luhačovicích a rodné Valašsko. V dopisech Kamile Stösslové se skladatel sám přiznává, že po „mentálně těžké práci“ naléhavě potřebuje rozptýlení nebo odvrácení své pozornosti k něčemu jinému. V dopisech Gabriele Horvátové popisuje další důvod k takovéto potřebě určité přestávky: Teď s klidem čistím jednotlivé scény posledního jednání; pak chci nechat práci „uležet“, až na ni zapomenu. Potom střízlivě už se človek dívá na svoje dílo – a dá ho třeba světu na pospas.
Janáček se podobně vyjádřil také ve své autobiografii (podle Adolfa Veselého) – je zajímavé, že tento opis působí téměř psychoanalyticky: Počátky všech těch oper i jiných prací skladebných jsou jako nitky smotány v jedno klubko. Ne že by se dílo po díle vyvíjelo: vyrůstá jich vždy několik zároveň. Uzraje – podle délky, jedno spíš než druhé; ale v mysli je jich vždy několik zároveň. Jedno už jasné ve vědomí, druhé ponořeno v jeho stínu.
Po „střízlivějším sezření“ nebo „uzrání“ svého díla následovala druhá fáze kompozice: fáze nekonečných revizí, které zahrnovaly určité ředění nebo pročišťování a tvarování tematického materiálu pomocí seškrtání originálních motivů a přivolání si ku pomoci svou speciální variační techniku. Pod variační technikou je myšlen Janáčkův sklon k ustřihování, modifikování, propracovávání, opakování a vršení motivů i jejich útržků do určitého následného řetězce. Tyto charakteristicky krátké motivy, které „vyčuhují“ v různých tvarech všude v jeho skladbách, jsou opěrné pilíře Janáčkovy kompoziční techniky; podle jeho žáka Ludvíka Kundery tvoří „intenzivně bušící srdce“.
Jenom v této druhé etapě začal se Janáček uchylovat ke konvenčním, formálním principům hudební kompozice. Pokračoval v práci na svém prvním autografu tím, že vyškrtal nehodící se místa, někdy zapisujíc nový materiál na rub vyškrtaných stran, někdy vsunujíc nové strany (označené například 21a, 21b, 21c a tak dále) a vyplněním zůstatků, hlavně orchestrace. Dostal se tudíž k zrevidované verzi, která se již začala podobat „finálnímu“ dílu. Je třeba dodat, že taková dvojfázová redukční metoda komponování je poměrně nestandardní, protože vetšina důležitých skladatelů, jako například Beethoven nebo Berg, následovala model právě opačný.
Ale Janáček se ani v této fázi nezastavil. Protože práce s opisovači, kterým pomáhal přelouskat se svým jen těžko dešifrovatelným autografem, ho 
inspirovala k novým nápadům. Skladatel se často spontánně rozhodl začlenit čerstvě zkomponované pasáže přímo do nových kopií. Avšak skladebný proces se nezastavil ani v tomto stádiu. Janáček pokračoval v práci na první kopii, která mohla někdy obsahovat ještě několik rozsáhlých škrtů, smazání a inserci úplně nových pasáží, až dokud tahle kopie musela být opět zkopírována. V podstatě se zdá, že Janáčkovo neustálé překomponovávání a zdokonalování dosáhlo konce až u finální, neprodloužitelné bariéry: skladatelovy smrti. V průběhu Janáčkova života byl každý nový koncert nebo poslech své skladby pobídkou k novým změnám; změnám, které byly nebo někdy i nebyly zapsané do předchozích kopií a které samy nemusely být posledními verzemi. Například, když se již dokončily zkoušky Makropulos, dozvídáme se z korespondence s jeho vídeňským nakladatelem Universal Edition, že kromě záplavy korekcí podnícené brněnskou premiérou 18. prosince 1926, skladatel vyhotovil novou sadu čerstvých korektur, když se opera uváděla v pražském Národním divadle v březnu 1928.
Kvůli těmto ustavičným změnám (způsobujícím značnou nejasnost a dvojznačnost pramenů), Janáčkovým zvláštnostem (například nezvykle rytmické subdivize, nadbytečné a nepravidelné používání předznamenání, nelogická enharmonická notace, nehratelné tóny, nekonvenční používání klíčů a tak dále) a ztraceným historickým důkazům, ustanovení spolehlivého hudebního zápisu Makropulos se zdá být nejen nesnadným, ale přímo téměř nemožným. Jelikož se nemůžeme vrátit do minulosti, ale jenom se na ni z povzdálí dívat přes hrubou a prašnou optiku již uplynulých let, musí se moderní badatelé nevyhnutelně potýkat s nesnázemi zapříčiněnými chybějícími nebo ztracenými důkazy – někdy paradoxně i bez toho, aby si to vůbec uvědomili. Jakmile editor zamění chybějící důkazy za svůj kritický úsudek, nejistota se začne rozrůstat. Například i s největší znalostí skladatelova hudebního slohu je na některých místech prakticky nemožné odlišit „chybu“, způsobenou opisovačem snažícím se začlenit nově zkomponovanou pasáž diktovanou Janáčkem (o kterém je známé, že byl nedbalým korektorem), od některých ze skladatelových hudebních modernismů nebo svérázností.
Dalším příkladem je série exponovaných trubkových sól na počátku třetího jednání, které se poprvé objeví, když Emilie Marty popudlivě přeruší svou služebnou: „…dáš mi pak udělat vajíčka?“. Nejenom, že jsou tato nervózní sóla, která pravděpodobně symbolizují frustraci a hněv Marty, rytmicky komplikovaná, ale také svědčí o tom, co byl v tehdejší době neobvyklý styl psaní pro trubku: iregulérní stoupající intervaly jsou pro nástroj po technické stránce ošemetné a jako výsledek jsou vrchní tóny nachylné k rozštěpení. Zdálo by se, že původně Janáček zamýšlel zařadit tato trubková sóla do partitury přesně tak, jak se objevila v některých dřívějších primárních pramenech. Avšak na zkouškách k premiéře se muselo stát něco neočekávaného, protože Janáček se rozhodl vymazat sóla z osnovy pro trubku a nahradit je hobojem. Možná že první hráč na trubku v brněnském orchestru pokládal sóla za příliš těžká, a to bylo důvodem k tomu, že se skladatel nakonec rozhodl je vymazat. Ale Janáček mohl rovněž změnit svůj estetický názor na přiměřenost sól. Co se ale skutecně událo, to nevíme a už nikdy se asi nedozvíme. Situace se o dva roky později opakovala také v Praze. Tentokrát jsme si ale jisti, že Janáček se definitivně snažil sóla znovu do partitury zařadit. Také se však dozvídáme, že byl s nimi nespokojen, protože v jednom z jeho článků si postěžoval (1. brezna 1928): Nejraději poslouchám před zkouškou tu vřavu v orchestru, když někdo ty nejtěžší motivy se ještě „doučuje“. Oj, pane, s tou trumpetou: kolikrát už to „selhalo“. Napnu já při premiéře uši, jestli to děs se zvrtne!
Protože Janáček neobnovil vyškrtnuté pasáže v prvním opisu partitury, můžeme se jenom domnívat, že i navzdory lepšímu orchestru v Praze působila 
trubková sóla i nadále příliš náročně… Trubková sóla nejsou jenom jedním izolovaným příkladem. S podobnými situacemi se badatel setkává poměrně často a dokonce v každém jednání. Dalšími problémovými místy by mohly například být energický dvojtaktový motiv v tympánech, který zní hned v úvodních taktech prvního dějství; diskrepance ve fanfárové hudbě označené „za scénou“ (fanfáry později generují množství dalších motivů, jakoby se podobaly staré zámecké hudbě připomínající mládí Marty), stratosféricky vysoká a v dvacátých letech nehratelná sóla violy d‘amore na konci prvního jednání (snad symbolizující milostný život hlavní hrdinky); příliš vysoké držené tóny ve flétnách v druhém jednání a basklarinetový part, který si žádá čtvrtého hráče (předepsaní jsou tři), jenom na více než třicet taktů (asi půl minuty) v třetím jednání. Navíc Janáčkova sporadická nebo „nedostatečná“ dynamická označení nabízejí velkou interpretační svobodu. Také nám nezbývá nic jiného než konstatovat, že kvůli Janáčkovým hromadným úpravám a nerozhodnosti jsme nuceni upustit od zažitých představ a víry v jednoznačně zformulované libreto.
V tomto světle představuje „finální“ nebo „definitivní“ edice Věci Makropulos téměř neřešitelný problém; nesnáze, která je výsledkem matoucí povahy pramenů i nedostatečných dokumentačních důkazů. Stává se evidentním faktem, že když Janáček povolil mnohonásobné verze jedné opery, tak to reflektuje něco integrálního z konstituce jeho děl. Pro Janáčka byla kompozice trvajícím procesem, a proto by neměly být tyto varianty formulovány jako „obtíže“ nebo „problém“. Místo toho by měly být považovány za esenci jeho díla .
Možná že nastal konečně čas, abychom zaujali širší stanovisko a neomezili se jenom na nazírání Makropulos nebo kterékoliv jiného díla jen jako na fixní entitu, ale uznali, že dílo není insulární, finální produkt génia pracujícího v izolaci. Právě naopak, je to interaktivní proces, i když se toto vysvětlení zdá být nedokonalé. A když už musíme žít s touto imperfekcí, pak máme dvě alternativy: buď budeme vidět náš šálek jako z poloviny plný nebo do poloviny prázdný. Frank Kermore ve své vnímavé knize Užití chyb (The Uses of Error ) dospěl k této myšlence velmi blízko, když navrhl: Bylo by nepochybně pohodlné, kdyby slova mohla být použita tak, aby měla pokaždé jenom jeden smysl; bylo by méně nedorozumění. Ale bylo by také mnohem méně poezie; a celé pole lidské zkušenosti, která existuje jenom pro to, že existuje jazyk, se všemi jeho zradami a dvojznačnostmi a marginálními silami, které vyznáváme, když používáme eufemismy, by se scvrkl až do nicoty.
Kermorovo pojetí by mohlo být rozvedeno. Bylo by nepochybně pohodlné, kdyby hudební díla mohla být pokaždé ztělesněna jenom v jednom hudebním zápise a kdyby hudební texty mohly mít pokaždé jenom jeden smysl; bylo by méně nedorozumění. Ale bylo by také mnohem méně hudby.
